PMID

PMID (PubMed Identifikator[1]) je jedinstveni broj dodeljen svakoj PubMed citaciji u oblasti prirodnih nauka, i svakom biomedicinskom artiklu objavljenom u naučnim žurnalima. Srodna PubMed Centralna arhiva može dodatno dodeliti drugi broj, PMCID (PubMed Centralni Identifikator), koji se normalno piše sa PMC prefiksom.

2005. godine je bilo između 15 i 16 miliona PMID brojeva u upotrebi, počevši od broja 1[2], i oko 1 milion novih brojeva se dodaje svake godine. Jedinstveni identifikator (UID) je oznaka polja za pretragu u PubMed upitima za pretragu. Koristeći PMID kao pretražni argument (sa ili bez [UID] oznake), PubMed će prikazati relevantni abstrakt. Na primer, da bi se locirala informacija of ovom artiklu:

Chobanian AV; Bakris GL; Black HR; et al. (2003). „The Seventh Report of the Joint National Committee on Prevention, Detection, Evaluation, and Treatment of High Blood Pressure: the JNC 7 report”. JAMA. 289 (19): 2560—72. PMID 12748199. doi:10.1001/jama.289.19.2560.

potrebno je otići na http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed i uneti broj 12748199.

PMID identifikatori se mogu koristiti i u nekim drugim bazama podataka, kao što je Entrez koji je dostupan sa sajta http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez.

Literatura

  1. ^ „Search Field Descriptions and Tags”. National Center for Biotechnology Information. Приступљено 27. 11. 2008.
  2. ^ Makar AB, McMartin KE, Palese M, Tephly TR (1975). „Formate assay in body fluids: application in methanol poisoning”. Biochemical Medicine. 13 (2): 117—26. PMID 1. doi:10.1016/0006-2944(75)90147-7.

Vidi još

Spoljašnje veze

5-HT1A receptor

5-HT1A receptor je tip 5-HT receptora za koji se vezuje endogeni neurotransmiter serotonin (5-hidroksitriptamin, 5-HT). On je G protein-spregnuti receptor (GPCR) koji je spregnut sa Gi/Go i posreduje inhibitornu neurotransmisiju. Akronim HTR1A označava humani gen koji kodira ovaj receptor.

5-HT2B receptor

5-HT2B receptor (5-hidroksitriptaminski (serotoninski) receptor 2B, HTR2B) je 5-HT2 receptor. On je kodiran istoimenim humanim genom.

5-HT6 receptor

5-HT6 receptor je tip 5-HT receptora za koji se vezuje endogeni neurotransmiter serotonin (5-hidroksitriptamin, 5-HT). On je G protein-spregnuti receptor koji deluje kroz Gs/Go i posreduje ekscitatornu neurotransmisiju. HTR6 je i oznaka za humani gen koji kodira ovaj receptor.

BRENDA

BRENDA (engl. BRaunschweig ENzyme DAtabase) je enzimski informacioni sistem. BRENDA je jedna od najpotpunijih enzimskih baza podataka.

Boreoeutheria

Boreoeutheria (Бореутерија) је магноред плацентални сисара који укључује надредове Laurasiatheria и Euarchontoglires.

ChEMBL

ChEMBL ili ChEMBLdb je manualno pripremljena hemijska baza podataka bioaktivnih molekula sa osobinama sličnim lekovima. ChEMBL održava Evropski Bioinformatički Institut (EBI), koji je baziran na Velkom Trustovom genomskom kampusu (engl. Wellcome Trust Genome Campus), u Hinkstonu, VB. Ova baza podataka je originalno bila poznata kao StARlite i razvijena od strane farmaceutske kompanije Galapagos NV. EMBL je ovu kolekciju kupila 2008. uz finansijsku pomoć Velkom Trusta. To je dovelo do formiranja ChEMBL hemogenomske grupe na EBI-u.

Farmakokinetika

Farmakokinetika, skraćeno PK, (od starogrčkog pharmakon "lek" i kinetikos "vezano za kretanje") je grana farmakologije koja se bavi izučavanjem promena supstanci doziranih u žive organizme. Reč farmakokinetika prvi put uveo je Friedrich Hartmut Dost 1953. godine u Nemačkoj i disciplinu definisao kao nauku kvantitativne analize odnosa između organizma i leka. Supstance od interesa su farmaceutski agensi, hormoni, nutrijenti, i toksini. Ona pokušava da otkrije sudbinu leka od momenta njegovog unosa do tačke u kojoj je kompletno eliminisan iz tela.

Farmakokinetika opisuje kako telo deluje na specifični lek nakon doziranja putem mehanizama apsorpcije i distribucije, kao i hemijske promene supstane u telu (e.g. posredstvom metaboličkih enzima kao što su enzimi citohrom P450 ili glukuronoziltransferaza), i efekte i puteve izlučivanja metabolita leka. Farmakokinetička svojstva leka mogu da budu uslovljena faktorima poput mesta administriranja i doze leka. Ti faktori mogu da utiču na brzinu apsorpcije. Farmakokinetika se često studira zajedno sa farmakodinamikom.

Holozoa

Holozoa je grupa organizama koja obuhvata životinje i njihove najbliže jednoćelijske srodnike, ali isključuje gljive. Holozoa je isto tako staro ime za plaštaški rod Distaplia.

Pošto je Holozoa kladus koji obuhvata sve organizme koji su srodniji životinjama nego gljivama, neki autori je preferiraju tu grupu u odnosu na prepoznavanje parafiletičkih grupa kao što je Choanozoa, koja se uglavnom sastoji od Holozoa bez životinja.Verovatno najbolje poznati holozoani, osim životinja, jesu hoanoflagelati, koji veoma nalikuju na ćelije sunđera, i stoga su postojale teorije da su povezani sa sunđerima, čak i u 19. veku. Proterospongia je primer kolonijalnih hoanoflagelata koji mogu da pomogunu u razjašnjavanju porekla sunđera.

Do prepoznavanja afiniteta drugih jednoćelijskih holozoana je došlo tokom 1990-tih.

Grupa uglavnom parazitskih vrsta zvana Icthyosporea ili Mesomycetozoea se ponekad grupiše zajedno sa drugim vrstama u Mesomycetozoa (uočite razliku na kraju naziva). Ameboidni rodovi Ministeria i Capsaspora se mogu ujediniti u grupu zvanu Filasterea po strukturi njihovih končastih pseudopodija. Zajedno sa hoanoflagelatima, filastereani su verovatno blisko srodni životinjama, i jedna analiza ih je grupisala zajedno kao kladus Filozoa.

Inhibitor enzima

Inhibitor enzima je molekul koji se vezuje za enzim i umanjuje njegovu aktivnost. Pošto blokiranje enzimske aktivnosti može da uzrokuje uginuće patogena ili da koriguje metaboličku neuravnoteženost, stoga su mnogi lekovi inhibitori enzima. Inhibitori enzima se takođe koriste kao pesticidi. Nisu svi molekuli koji se vezuju za enzime inhibitori; aktivatori enzima se vezuju za enzime i povećavaju njihovu aktivnost, dok se enzimski supstrati vezuju i bivaju konvertovani do produkata u normalnom katalitičkom ciklusu enzima.

Vezivanje inhibitora može da spreči pristup supstrata enzimskom aktivnom mestu i/ili omete enzim pri katalizi biohemijske reakcije. Vezivanje inhibitora može da bude reverzibilno ili ireverzibilno. Ireverzibilni inhibitori obično reaguju sa enzimom i hemijski ga menjaju (npr. formiranjem kovalentne veze), te modifikuju ključne aminokiselinske ostatke neophodne za enzimatsku aktivnost. Nasuprot ovome, reverzibilni inhibitori se vezuju nekovalentno, te se različiti tipovi inhibicije javljaju zavisno od toga da li se inhibitori vezuju za enzim, za enzimsko-supstratni kompleks, ili za oboje.Mnogi molekuli lekova su inhibitori enzima, tako da je njihovo otkrivanje i poboljšanje aktivna oblast istraživanja u biohemiji i farmakologiji. Medicinski enzimski inhibitori se često vrednuju po svojoj specifičnosti (svom odsustvu vezivanja za druge proteine) i svojoj potentnosti (svojoj konstanti disocijacije, koja je indikator koncentracije neophodne za inhibiciju enzima). Visoka specifičnost i potentnost su preduslovi da lek ispoljava mali broj nuspojava i stoga nisku toksičnost.

Enzimski inhibitori se isto tako javljaju u prirodi i učestvuju u regulaciji metabolizma. Na primer, enzimi u metaboličkom putu mogu da budu inhibirani produktima daljih koraka puta. Ovaj tip povratne sprege usporava ćelijsku proizvodnu liniju kad produkti počnu da se nakupljaju, i to je jedan od važnih načina održavanja homeostaze u ćelijama. Drugi ćelijski enzimski inhibitori su proteini, koji se specifično vezuju za i inhibiraju enzimsku metu. To može da pomogne u kontroli enzima, koji bi inače mogli da oštete ćeliju, kao što su proteaze ili nukleaze. Jedna detaljno okarakterisana klasa inhibitornih molekula su ribonukleazni inhibitori, koji se vezuju za ribonukleaze formirajući jednu od najčvršćih poznatih protein—protein interakcija. Prirodni enzimski inhibitori takođe mogu da budu otrovi i da se koriste kao vid odbrane od predatora, ili kao način ubijanja plena.

KEGG

KEGG (Kjoto enciklopedija gena i genoma) je kolekcija onlajn baza podataka koje obuhvataju oblasti genoma, enzimatskih puteva, i bioloških jedinjenja. PATHWAY baza podataka sadrži mrežu molekulskih interakcija u ćelijama, i njihovih varijanti u specifičnim organizmima.

Opisthokont

Opisthokont (grč. ὀπίσθιος [opísthios] = "rear, posterior" + κοντός [kontós] = "pole" i.e. "flagellum") ili Choanozoa, je naziv za široku grupu eukariota, čime su obuhvaćena životinjska i gljivična carstva, zajedno sa eukariotskim mikroorganizmima koji se ponekad grupišu u parafiletički razdeo Choanozoa (konvencionalno dodeljen carstvu protista). Opisthokonti, koji se ponekad nazivaju „gljivično/metazoanskom” grupom, se generalno prepoznaju kao monofilijska klada, i smatraju se baznom kladom Obazoa, sestrom Apusomonadida – Breviata klada.

Panarthropoda

Panarthropoda je životinjski takson koji kombinuje razdele Arthropoda, Tardigrada i Onychophora, kladu Lobopodia, i klasu Dinocaridida. Sve studije ne podržavaju njegovo postojanje, ali većina to čini, uključujući neuroanatomske, mitogenomske i palaeontološke studije.

PubChem

PubChem je baza podataka hemijskih molekula. Ovaj sistem odražava NCBI, koji je komponenta SAD Nacionalne Medicinske Biblioteke, koja je deo NIH-a. PubChem je slobodno dostupan na Internetu. Milioni struktura jedinjenja i opisnih podataka se mogu preuzeti. PubChem sadrži opise supstanci i malih molekula sa manje od 1000 atoma i 1000 veza. Američko Hemijsko Društvo je tražilo os SAD kongresa da ograniči PubChem operacije, jer konkuriše njihovoj Službi hemijskih abstrakta (CAS).. Više od 80 snabdevača baza podataka (kataloga hemijskih jedinjenja i njihovih osobina) doprinosi rastu PubChem baze podataka.

S1PR1

S1PR1 (sfingozin-1-fosfatni receptor 1, S1P1, EDG1, endotelni diferencijacioni gen 1) je protein koji je kod ljudi kodiran S1PR1 genom. S1P1 je G protein spregnuti receptor za koji se vezuje lipidni signalni molekul sfingozin-1-fosfat (S1P).

Unikont

Unikonti ili Amorphea su članovi taksonomske supergrupe koja obuhvata Amoebozoa i njenu sestrinsku kladu, Opisthokonta, čime su obuhvaćene gljive, životinje i Choanomonada, ili Choanoflagellate. Takonomski afinitete članova klade je originalno opisao i predložio Tomas Kavalier Smit.Međunarodno društvo protistologa, priznato telo za taksonomiju protozoa, preporučilo je 2012 da se termin Unikont promeni u Amorphea pošto je naziv „Unikont” baziran na hipotetisanoj sinapomorfiji koju su ISP autori i drugi naučnici kasnije odbili.Ovom grupom su obohvaćeni amoebozoa, opisthokonti, i verovatno Apusozoa.

Биљке

Биљке су углавном вишећелијске, предоминантно фотосинтетички еукариоте из царства Plantae.

Овај термин је данас генерално ограничен на зелене биљке, које формирају нерангирани кладус Viridiplantae (латински за „зелене биљке“). Њиме су обухваћене цветајуће биљке, четинари и друге голосеменице, папрати, Lycopodiopsida, Anthocerotophyta, Hepaticae, маховине и зелене алге, а нису обухваћене црвене и смеђе алге. Историјски, биљке су формирале једно од два царства која су покривала сва жива бића која нису животиње, и алге и гљиве су третиране као биљке; међутим све садашње дефиниције биљки искључују гљиве и неке алги, као и прокариоте (археје и бактерије).

Зелена боја није таксономски карактер за разликовање биљака од осталих организама - постоје и животиње зелене боје (нпр. Сунђери, који су притом и сесилни), а исто тако постоје и биљни организми других боја, или безбојни.

Основним карактеристикама биљака сматране су непокретност, присуство ћелијског зида и могућност аутотрофије. Са развојем биологије, полако се одустаје од овако широког схватања појма биљка. Под зеленим биљкама подразумевамо монофилетску групу биљака са хлорофилима а и б, у оквиру које можемо издвојити две велике скупине:

примарно водену групу зелених алги, и из њих еволуиралу групу копнених биљака.

Зелене биљке имају ћелијске зидове који садрже целулозу и добијају веће део своје енергије од сунчеве светлости путем фотосинтезе у примарним хлоропластима, изведеним путем ендосимбиозе са цијанобактеријама. Њигови хлоропласти садрже хлорофиле а и б, који им дају зелену боју. Неке биљке су паразитске и стога су изгубиле способност да производе нормалне количине хлорофила или да врше фотосинтезу. Оваква трансформација енергије олакшава везивање неорганског угљеник(IV)-оксида у органска једињења - угљене хидрате, који представљају основну храну организама (тј, биљке су аутотрофни организми). Могуће је, дакле, биљке дефинисати и као фотоаутотрофне организме. За биљке је карактеристична сексуална репродукција и измена генерација, мада је асексуална репродукција такође распрострањена.

Постоји око 300–315 хиљада врста биљки, од којих велика већина, неких 260–290 хиљада, су семењаче (погледајте табелу испод). Зелене биљке производе највећи део светског молекуларног кисеоника и основа су највећег дела Зељине екологије, посебно на копну. Биљке производе житарице, воће и поврће који су основна храна човечанства, и биле су доместиковане миленијумима. Биљке изграју мноштво улога у култури. Оне се користе као орнаменти и донедавно су на мноштво начина служиле каo извор највећег дела лекова. Наука која изучава биљке се зове ботаника, и грана је биологије.

Витамин Ц

Витамин Ц (L-аскорбинска киселина, L-аскорбат) је витамин код људи и више животињских врста. У живим организмима аскорбат делује као антиоксиданс, те штити тело од оксидатовног стреса. Он је исто тако кофактор у најмање шест ензимских реакција, међу којима је неколико реакција колагенске синтезе, чија дисфункционалност се манифестује симптомима скорбута. Код животиња су ове реакције посебно важне при зарастању рана и за спречавање крварења из капилара.

Аскорбат (јон аскорбинске киселине) је неопходан у низу есенцијалних метаболичких реакција код свих животиња и биљака. Њега формира велика већина живих организама, са приметним изузетаком групе сисара, међу којима је већина слепих мишева, заморци, капибаре, и један од два главна подреда примата, антропоиди (сувоносни мајмуни) (тарсијери, мајмуни, човеколики мајмуни, и људи). Аскорбинску киселину исто тако не синтетишу поједине врсте птица и риба. Свим врстама које немају способност синтезе витамина Ц, неопходно је да га унесу путем исхране. Дуготрајни дефицит овог витамина се манифестује развојем скорбута. Витамин Ц је један од најшире коришћених прехрамбених адитива.

Ширина опсега његовог дејства, као и препоручљива дневна доза, су теме текућих дебата. Препоручене дозе се крећу у опсегу од 45 до 400 mg на дан.

Ензимска кинетика

Ензимска кинетика је област која изучава брзине хемијских реакција катализованих ензимима. Проучавање и познавање ензимске кинетике даје увид у механизме по којима се одвијају ове реакције. Између осталог стиче се увид и у њихову улогу у метаболизму, у то како је њихова активност контролисана у ћелијама и како дроге и отрови могу инхибирати њихову активност.

Ензими су молекули који управљају другим молекулима-ензимским супстратима. Супстрати се везују за активно место на ензиму и трансформишу се у производе кроз низ ступњева који чине механизам дате ензимске реакције. Неки ензими могу везивати више супстрата и/или давати више продуката, а пример за то је протеаза која делујући на један протеин даје два полипептидна производа. Са друге стране постоје ензими као што је ДНК полимераза, која везује нуклеотиде у ДНК. Иако се ови механизми углавном састоје од великог броја ступњева, један карактеристичан ступањ одређује укупну кинетику процеса и зове се одлучујући ступањ. Одлучујући ступањ може бити хемијска реакција или структурна промена ензима или супстрата, која прати ослобађање продукта из ензима.

Познавање структуре ензима има велики значај зато што може наговестити како ће се током катализе везивати супстрат и ензим, које промене ће се догађати током реакције, па чак и која је улога појединачних аминокиселинских остатака у механизму.

Разликују се два типа ензимских механизама, механизме који укључују један супстрат (моносупстратне механизме) и механизме који укључују већи број супстрата (полисупстратне). Изучавања ензимске кинетике са моносупстратним механизмом какву има ензим триозофосфат изомераза, имају за циљ да одреде афинитет везивања супстрата од стране ензима. Уколико ензим везује већи број супстрата нпр. ензим дихидрофолат редуктаза (приказан на слици), ензимска кинетика нам тада може пружити информацију о редоследу везивања супстрата и грађења продуката.

Протеински ензими нису једини биолошки катализатори. У процесима везаним за РНК као што су транслација и посттранскрипциона модификација РНК, учествују рибозими и рибозоми. Главна разлика између протеинских ензима и РНК катализатора је та што РНК катализатори учествују у доста мањем броју реакција, али се њихови реакциони механизми и кинетика, посматрају на исти начин као код протеинских ензима.

Протеин

Протеини или беланчевине су природни полипептиди који су изграђени од великог броја аминокиселинских остатака, који су поређани у линеарне ланце и спојени међусобно пептидним везама између угљениковог атома и амино групе две аминокиселине. Секвенца амино киселина у протеину дефинисана је у генима и садржана у генетичком коду. Генетички код одређују 20 „основних“ амино киселина. Протеини могу да делују заједно да би тако лакше достигли одређене функције и зато се везују у стабилне комплексе. Као и сви биолошки макромолекули, као што полисахариди и амино киселине, и протеини улазе у састав живих организама и учествују у свим процесима међу ћелијама. Многи протеини су ензими који каталишу биохемијске реакције и значајни су за метаболизам. Други имају структурне или механичке функције као протеини у цитоскелету, који формирају “кичму” која чини облик ћелије. Значајни су у ћелијском преносу сигнала, адхезији ћелија, имунолошком систему и ћелијском циклусу. Неопходни су у нашој исхрани, јер животиње не могу да синтетишу све амино киселине, и морају неке да узимају из хране. Реч протеин потиче од Грчке речи πρώτα што значи “ најважнији, први ”. Ове молекуле је први описао и именовао Џонс Берцелијус 1838. Први протеин који је издвојен је инсулин од стране Фредерика Сангера, који је добио Нобелову награду за ово откриће 1958. Међу првима су откривени и хемоглобин и миоглобин на основу кристалографје X-зрачења.

На другим језицима

This page is based on a Wikipedia article written by authors (here).
Text is available under the CC BY-SA 3.0 license; additional terms may apply.
Images, videos and audio are available under their respective licenses.